1、信号序列一般编码器输出信号除A、B两相（A、B两通道的信号序列相位差为90度）外，每转一圈还输出一个零位脉冲Z。。当主轴以顺时针方向旋转时，按输出脉冲，A通道信号位于B通道之前；当主轴逆时针旋转时，A通道信号则位于B通道之后。从而由此判断主轴是正转还是反转。正弦输出编码器输出的差分信号所示：
2、零位信号编码器每旋转一周发一个脉冲，称之为零位脉冲或标识脉冲，零位脉冲用于决定零位置或标识位置。要准确测量零位脉冲，不论旋转方向，零位脉冲均被作为两个通道的高位组合输出。由于通道之间的相位差的存在，零位脉冲仅为脉冲长度的一半。
3、预警信号有的编码器还有报警信号输出，可以对电源故障，发光二极管故障进行报警，以便用户及时更换编码器。
一、NPN/PNP开路集电极输出（NPN/PNP Open Collector)：最基本的输出方式，抗干扰能力差，输出有效距离短。在旋转编码器中用于增量型编码器输出，现已较少使用。传输介质：所有导线，光纤，无线电高频特性：NPN开路集电集输出。
二、线驱动（TTL/RS422）：对称的正负信号输出，抗干扰能力强，最大传输距离1000m.传输介质：双绞线高频特性：佳在旋转编码器乃至现今工业控制系统作为电气连接接口使用非常普遍。
三、推挽输出（Push-Pull)：组合了PNP和NPN两种输出，对称的正负信号输出，可以方便地驳接单端接收，抗干扰能力强，（差分接收）；最大传输距离100m。传输介质：双绞线（差分接收）；所有导线，光纤，无线电（单端接收）。高频特性：好
四、其它：其它的接口方式还有RS232（C），RS485以及绝对编码器常用的SSI，各种现场总路线（如Profibus,Devicenet,CANopen等）。
